Con la llegada de los primeros conquistadores españoles, comisionados por Sebastián de Belalcázar y con la expedición de Pedro de Puelles (1537), familias indígenas por no someterse a las hostilidades de la conquista y, posteriormente a las encomiendas y mitas, emprendieron huida hacia las selvas bajas, en donde establecieron relaciones culturales y parentesco con los grupos Kofán del valle del Guamuéz. Por otra parte, desde finales del siglo XVI como lo relata Sañudo, una considerable proporción de indígenas con residencia en la zona suroccidental que continúan siendo el núcleo territorial más poblado, fue trasladado al valle de Atriz para que sirviera como mano de obra a los encomenderos y vecinos de Pasto. De este acontecer aún prevalecen los pequeños poblados de Canchala y Puerres en el suroriente de la capital de Nariño.
La desvinculación de los primitivos pobladores produjo un vacío de poder institucional nativo que, al parecer, no esperaron otras parcialidades vecinas para exigir un supuesto derecho sobre las tierras que justamente les pertenecían a los Puerreños, Tescuales, Canchalas y otros.
Al respecto, Justino Mejía y Mejía, distinguido historiador y arqueólogo nariñense, refiriéndose a los primitivos pobladores de Puerres, manifiesta lo siguiente:
En 1576 Puerres era un pequeño vecindario de indios contribuyentes que, después de Tescual y Canchala, ocupaba el último lugar en el elenco de los pueblos de la provincia de los Pastos, formado por el ayuntamiento del de Pasto a fin de distribuir, según la importancia social y económica de cada uno de ellos, la cantidad de cerdos macho de más de un año, con que decían contribuir para el salario y sustentamiento del juez de comisión, don Diego de Benavides.
En 1589 Puerres tenía 80 indios tributarios bajo la encomienda de Francisco Garcés, en tanto que Canchala contaba con 78 y Tescual con 71, siendo encomenderos respectivamente Juan Rodríguez López y Juana de Encinas.
Se aproximaron a los tres siglos que por disminución de su población se anexó a Males desde donde los administraban así los doctrineros como los caciques y gobernadores, escribanos, etc. Sin embargo, parece que no tenían réditos suficientes para asegurar la existencia del doctrinero, según se colige de esta declaración de uno de ellos, así:
“El 10 de octubre de 1733, habiendo yo Fray José González, cura de este pueblo de Males, solicitado por el gobernador del pueblo de Puerres para asegurar mis estipendios, no hallé; porque dicho pueblo no las tenía, por lo cual hube de nombrar de gobernador a don Juan Canchala, indio que está en Pastás”.
Como se puede ver, que el poblado se había reducido a los pocos indios encomendados tributados a los encomenderos, pero sin previa legislación, lo que produjo que con mayor razón los resguardos de Males reclamaban las tierras de Puerres, como un derecho por no haber pagado los tributos reales en nombre de los demás indios.
Los conflictos de tierras fueron continuos, quedando las discusiones de linderos entre las parcialidades de Males y Puerres, pero en 1789 tenía una regular iglesia, en lo que el doctrinero de Males, Juan Manuel Ordóñez administraba el sacramento del bautismo, se apagaron los ánimos para reclamar las tierras. La iglesia fue erigida un siglo después.
Como se puede ver, Puerres también fue víctima de los españoles encomenderos que llegaron en busca de oro y con el pretexto de difundir la religión católica. Ellos se preocuparon por enriquecerse utilizando el trabajo del indio en actividades agrícolas y en servicios personales, que pronto arruinaron la población, dejándola casi desolada.
Entre algunas familias indígenas que han logrado prevalecer están: los Canchalas, los Guaranguay, Nastules, Cuaranes, Chapueres, etc., pero sin destacar la posibilidad de que algunos son llegados de otros lugares, como los Pinchaos, de Pasto.